تهدف مجلة المحظرة الشنقيطية إلى:
1- الإسهام في تطوير المعرفة ونشرها؛ وذلك بنشر البحوث العلمية الأصيلة، المرتبطة بالعلوم المدرسة في المحظرة الشنقيطية.
2- توفير فرصة التقويم العلمي للبحوث، من خلال إخضاع البحوث للرأي العلمي الذي يأخذ على عاتقه تقويم الجوانب العلمية والمنهجية في البحث العلمي.
3- معالجة القضايا المعاصرة والنوازل في إطار البحث العلمي، وتوظيفها في خدمة القضايا الإنسانية، والقضايا الجوهرية التي تأسست من أجلها المجلة.
4- تأكيد التنوع والانفتاح والانضباط المنهجي، والاستفادة من كل معطيات الفكر السليم، والمساهمة في صناعة المعرفة، مع المحافظة على رسالة الجامعة وهويتها.
5- توطيد الصلات العلمية والفكرية بين الجامعة والمؤسسات البحثية المتخصصة؛ وذلك عن طريق تبادل الإصدارات العلمية.